Verschillende actoren binnen de zorg- en hulpverlening, alsook hogescholen en universiteiten, wezen erop dat de kwaliteit van diagnostiek als fundament van een kwaliteitsvolle zorg meer aandacht behoorde te krijgen.

Het decreet van 21 juni 2013 betreffende diverse bepalingen binnen het beleidsdomein Welzijn, Volksgezondheid en Gezin bood de legistieke basis voor de oprichting van het Kwaliteitscentrum voor Diagnostiek.

Op 7 februari 2014 gaf de Vlaamse regering haar goedkeuring voor de oprichting van het Kwaliteitscentrum voor Diagnostiek. De oprichting gebeurde in samenwerking met partners zoals het Vlaams Forum voor Diagnostiek in de psychologische en pedagogische begeleiding en hulpverlening vzw (VFD) en de Vrije-CLB-Koepel vzw in naam van de CLB-centrumnetten.
Op 10 maart 2014 werd het Kwaliteitscentrum voor Diagnostiek officieel opgericht door de Vlaamse gemeenschap.

Op 25 april 2014 vond de stichtingsvergadering plaats. Tijdens deze eerste Algemene Vergadering werden de beheersovereenkomst besproken en bestuursleden aangesteld. Hierbij werd rekening gehouden met gendergelijkheid en een representatieve vertegenwoordiging van de verschillende sectoren uit de (jeugd)hulpverlening.

Sinds 1 november 2014 bestond, na een wervings- en selectieprocedure, het operationele team actief uit twee voltijdse en één halftijdse medewerker(s): Coördinerend Adviseur Julie De Ganck, een Wetenschappelijk medewerker en een Administratief en Communicatief Medewerker. Zij zetten zich in voor het realiseren van de doelstellingen van het centrum, in het bijzonder binnen het domein van de Integrale Jeugdhulp.

In eerste instantie werd gefocust op het bevorderen van de kwaliteit van diagnostiek in de sectoren die gevat zijn door de Integrale Jeugdhulp. Sinds de operationele start van het centrum werden reeds voorbereidingen getroffen voor de verbreding van de focus van de activiteiten, met relevante opdrachten binnen de Vlaamse Sociale Bescherming. Deze focusverruiming resulteerde in een Ministerieel Besluit (dd. 20 juli 2017) betreffende de toekenning van een bijkomende subsidie en een nieuwe 3-jarige beheersovereenkomst (dd. 1 januari 2018) waarin het toepassingsgebied werd uitgebreid  naar de Vlaamse Sociale Bescherming. Sinds 1 februari 2018 werd het operationele team dan ook uitgebreid met een projectmedewerker Vlaamse Sociale Bescherming.

In 2024 bestaat het operationele team van het Kwaliteitscentrum voor Diagnostiek vzw uit Directeur Kimberly Van Nieuwenhove en negen medewerkers.